由哈尔滨医科大学李春权教授主持的本实验室2020年度开放课题《糖尿病中超级增强子的上游信号通路识别及调控机制研究》(课题编号GKLCDSM-20210101-02),近日于《NUCLEIC ACIDS RESEARCH》(IF=11.561)在线刊发了题为“TF-Marker: a comprehensive manually curateddatabase for transcription factors and related markers in specific cell and tissue types in human”的研究论文。
该论文的内容简介如下:
TF-Marker:一个手工收集人类特定细胞和组织类型中转录因子和相关标志物的综合数据库。转录因子在生物过程中发挥关键作用,通常用作细胞标志物。细胞类型特异性转录因子形成了相互连接的调节环,以控制特定细胞类型的转录程序,这些转录因子被称为核心转录调控环中的转录因子。转录因子和相关标志物在人类疾病发生发展,识别特定细胞类型中十分重要。研究团队收集了人类转录因子和相关标志物并开发了TF-Marker 数据库,旨在为人类提供细胞/组织特异性的转录因子和相关标志物。通过整理上万篇已发表的文献,我们将转录因子和相关标志物信息根据其功能分为五类:(i) TF:调节标志物表达的转录因子;(ii) T Marker:受 TF 调控的标志物;(iii) I Marker:影响 TF 活性的标志物;(iv) TFMarker:起标志物作用的转录因子;(v) TF Pmarker:起潜在标志物作用的转录因子。目前,TF-Marker的5905条信息记录包括1316个TFs,1092个T Markers,473个I Markers,1600个TFMarkers 和1424个TF Pmarkers,并且涉及人体383 种细胞类型和 95 种组织类型。除此之外,TF-Marker还提供核心转录调控环中的转录因子,以及核心转录调控环的富集分析,通过网站中的浏览,查询,分析功能可以揭示疾病发展中细胞身份的转录途径,更好地理解癌症等疾病中的基因异常调控和细胞身份的异常变化。TF-Marker提供了一个友好的界面可视化有关转录因子和相关标志物的详细信息,并且可以通过帮助文档来更好的了解数据库的使用。TF-Marker 将成为了解不同组织和细胞调控模式的宝贵资源。
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