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桂林医学院研究生院（处）成立于2010年，前身系桂林医学院研究生处，2016年成立研究生工作部。2006年学校获批硕士学位授予单位，2007年正式招收外科学、内科学和病理生理学与病理学硕士研究生。2010年获基础医学和临床医学一级学科硕士学位授予权。2014年和2017年，学校两次获批广西壮族自治区博士学位授权立项建设单位。建设期间，学校与中南大学、澳门科技大学等高校联合培养博士研究生共计53名，积累了丰富的博士生培养经验。2021年学校获国务院学位委员会批准，审核增列为博士学位授予单位，临床医学获批博士专业学位授权点。2023年学校开始招收临床医学专业学位博士研究生，并获批临床医学博士后科研流动站。

学校高度重视学科建设，贯彻“科学规划，分层建设，重点突破，全面推进”的思路和“重点投入，突出特色”的方针，强化优势学科，发展特色学科，使学位点的规模、效益和质量都取得了长足的进步。截止目前，学校共有临床医学1个博士专业学位授权类别；基础医学、临床医学、药学、公共卫生与预防医学、生物医学工程5个一级学科硕士学位授权点和临床医学、药学、公共卫生、口腔医学、护理、公共管理、图书情报、医学技术8个硕士专业学位授权类别。研究生教育覆盖了博士、硕士两个层次，授权学科涵盖医学、理学和管理学三个学科门类，其中医学门类主干学科实现了全覆盖，学科建设对教学科研和人才培养等方面的支撑作用日益凸显。

学校现有全日制在校研究生1732人，其中硕士生1713人、博士生20人；在册同等学力人员1415人。现有硕士研究生导师1004人，博士研究生导师89人，导师队伍中博士占比55.57%，副高以上职称占比89.84%。导师队伍中有89人次获“国家重大人才项目”人选、“百千万人才工程”国家级人选、享受政府特殊津贴专家、全国优秀教师、全国优秀教育工作者、教育部高等学校教学指导委员会委员、“高层次留学人才回国资助项目”人才、广西“八桂学者”、广西优秀专家、广西教学名师等自治区级以上荣誉称号。

学校践行“弘德善医”的校训精神，围绕“新医科”建设理念，以医教研深度融合为突破口，整合学科资源，优化学科布局，聚焦核心课程建设，强化导师培训，加强教学督导与评价，注重对外交流与合作，不断提高研究生的综合素质。截至2024年3月，累计毕业研究生2823人，研究生就业率保持在93%以上，毕业生活跃于国家医疗卫生事业各个领域，研究生培养质量获得社会广泛肯定。